在全部場次比賽結束後進行了頒獎儀式，本賽季U-21聯賽的諸多獎項被一一揭曉，除最佳射手外，各單項獎由所有參賽隊主教練、比賽監督、賽事組委會投票並結合數據結果決定。

最佳射手：劉軼恒（武漢三鎮）在2024中國足球協會U-21聯賽中，武漢三鎮U-21隊的劉軼恒共打進19粒進球，榮膺最佳射手。他以出色的表現幫助武漢三鎮U-21隊斬獲了本賽季U-21聯賽的冠軍。

最佳守門員：張皓然（天津津門虎）在2024中國足球協會U-21聯賽中，天津津門虎U-21隊的門將張皓然表現優異，截至第21輪，張皓然上演了65次撲救，為本賽季U-21聯賽最多，並保持了75%的高撲救成功率。憑借出色的表現，張皓然榮獲賽事最佳守門員。

最佳球員：劉誠宇（上海申花）在2024中國足球協會U-21聯賽中，上海申花U-21隊前鋒劉誠宇打進16粒進球，他用犀利的突破和冷靜的射門，屢屢為上海申花U-21隊打開勝利之門。憑借出色的表現，劉誠宇榮獲賽事最佳球員。

最佳教練員：薑坤（武漢三鎮）在2024中國足球協會U-21聯賽中，武漢三鎮U-21隊在主教練薑坤的指導下戰績出眾，球隊在決賽階段以17勝4平1負的戰績獲得最終的冠軍，主教練薑坤榮獲最佳教練員。

優秀裁判員：郭翔宇、秦鵬、石焱中、馮錫麟、白豈滔、趙增芃、王洋、黃寶勝、李天意、王森威等10名裁判員獲得優秀裁判員獎項。

公平競賽獎：長春亞泰、深圳新鵬城、梅州客家經曆了淘汰賽和決賽共六個階段的角逐，長春亞泰U-21隊、深圳新鵬城U-21隊和梅州客家U-21隊獲得公平競賽獎。期望各支球隊能繼續堅持公平競賽理念，弘揚良好賽風。

張皓然、阮景威、李小一、阿卜杜熱合曼·阿卜杜克熱木、和泉、餘彥鋒、李漠雨、夏曉曦、張昊、劉軼恒和劉誠宇入選本賽季U-21聯賽最佳陣容。